V roku 1736 František Štefan Lotrinský založil v Kopčanoch kráľovský žrebčín, kedy na Záhorie presunul prvé chovné kone z lotrinského Saaralbe. O tridsať rokov neskôr jeho manželka, cisárovná Mária Terézia povýšila žrebčín na cisársky. Išlo o menší žrebčín, ktorý mal 10 žrebcov, 100 kobýl, 200 mladých koní a kobyliek. Chovali sa tu španielske kone. Neskôr cisár Jozef II. Založil chov anglického plnokrvníka. Prvé takéto kone do Kopčian priviezol vrchný stajník knieža František Trauttmansdorff. Kone sa tu odchovávali pre cisársky viedenský dvor, teda kone jazdecké, kone pre dostihy a poľovačky alebo dokonca aj kone do záprahov. V lete 1816 sa na lúkach žrebčína konali prestížne dostihy medzi plnokrvníkmi. Príroda, v ktorej sa žrebčín nachádzal však časom chovu koní nepriala. Záplavy a bohatý výskyt komárov spôsobovali veľké problémy a žriebätá hynuli, kobyly potratili a zvieratá trpeli mnohými zdravotnými problémami. V roku 1828 bol chov plnokrvníka v Kopčanoch zrušený. Všetky kone previezli do českých Kladrúb nad Labe.
Po druhej svetovej vojne žrebčín slúžil ako družstvo a poľnohospodári v hale sušili obilie. Pod jedným zo strešných oblúkov na žrebčíne je možné ešte prečítať nápis v maďarčine – Cisársky a kráľovský žrebčín.
V 20. storočí žrebčín slúžil na rôzne účely. Fungoval ako liehovar – spracúvala sa tu cukrová repa a zemiaky.
V roku 2001 sa začala rekonštrukcia na žrebčíne. Vďaka fondom sa tu už uskutočnilo množstvo projektov a dôležitých opráv. V piatich vynovených izbách sa dokonca organizovali detské tábory. V zrekonštruovaných priestoroch sú umiestnené aj expozície múzea.
