Interiér kostola
V minulosti bolo v kostole pôvodne osem oltárov. Zachoval sa však iba hlavný oltár s obrazom, na ktorom je vyobrazený František Xaverský spolu so sochami svätého Petra a svätého Pavla. Obraz patróna patrí medzi najväčšie obrazy na Slovensku s rozmermi 3,5×6,5 metra. Pochádza z polovice 18. storočia a autor obrazu je neznámy. Ako mnohé pamiatka, aj tento obraz časom chátral. V rokoch 1995 až 1996 ho reštaurovali dve ženy – Rosanna Báthoryová a Dagmar Morávková. Pred šiestimi rokmi Milan Flajžín reštauroval rám obrazu. Kostol veľmi rýchlo chátral a mnohé časti interiéru boli odnesené do iných kostolov. Zachoval sa iba spomínaný hlavný oltár, freska v bočnej kaplnky Panny Márie.
Súčasnosť
Pred šiestimi rokmi, v roku 2011 prešiel úplnou rekonštrukciou, ktorá bola zároveň najrozsiahlejšia rekonštrukcia v histórii mesta Skalica. Zrenovovaný bol exteriér, ale i interiér kostola. Dňa 27. novembra 2011 sa uskutočnilo slávnostné otvorenie zrekonštruovaného kostola. Týmto dňom sa začína ďalšia etapa kostola ako kultúrno-spoločenského centra v Skalici. Odvtedy slúži ako kultúrno-poznávacia pamiatka, kde sa sporadicky usporadúvajú koncerty organovej hudby, ale i iných žánrov, tiež výstavy, promócie škôl, spoločenské akcie, ale i sobáše. Kostol má unikátnu akustiku, ktorá je zároveň najlepšou akustikou v strednej Európe. Ministerstvo kultúry Slovenskej republiky dokonca kostolu udelilo ocenenie Kultúrna pamiatka roka 2011 za komplexnú obnovu a reštaurovanie mobiliáru jezuitského kostola v Skalici. Kostol patrí k majetkom mesta a neslúži na bohoslužobné účely.
