Kostol je barokovo-klasicistická stavba postavená podľa projektov J.N. Jadota v rokoch 1752 až 1755. Pôvodne bol vybudovaný spolu s priľahlým komplexom budov ako kláštorný kostol rehole Kapucínov. V období Jozefínskych reforiem bol kláštor zrušený. Kostol je jednoloďový s rovným uzáverom presbytéria, zaklenutý pruskými klenbami. Vnútorné zariadenie je barokovo-klasicistické, zväčša pôvodné z druhej polovice 18. storočia. Od roku 1755 je farským kostolom a v roku 1786 na základe rozhodnutia ostrihomského arcibiskupa Jozefa Batthyányiho sa stal farským kostolom s povolenou zmenou jeho zasvätenia sv. Martinovi. V súčasnosti kostol a kláštor spravuje rehoľa premonštrátov. Kláštor je pristavaný k východnej strane kostola a má štvorcový pôdorys s dvorom v strede. Miestnosti v dvojpodlažnej stavbe sú zaklenuté pruskými a zrkadlovými klenbami. Nad vstupom je orgánový chór, posadený na troch arkádových pilieroch. V bočnej kaplnke Panny Márie je oltár Piety. Holíčska baroková plastika patrí k najcennejším umeleckým dielam svojho druhu v strednej Európe. Súsošie má vyše 300 rokov. Na západnej stene je kazateľnica prístupná z lode schodmi v hrúbke muriva. V stredovej osi kostola je hlavný oltár zasvätený sv. Martinovi a po bokoch dva bočné oltáre zasvätené sv. J. Nepomuckému a sv. Antonovi Paduánskemu. Zo staršieho farského kostola bola do Kostola sv. Martina z liturgických dôvodov prevezená kamenná krstiteľnica.
Kostol sv. Martina je možné navštíviť počas Letnej turistickej sezóny viď balík č. 1 a 5 a v rámci Dní Európskeho kultúrneho dedičstva.
